按酒曲中微生物菌种的由来，可分为传统酒曲（微生物菌种的天然接种）和纯种酒曲（如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲）。
当代一般来说将酒曲可分为五大类，各自适用于不一样的酒。它们是：
麦曲，关键适用于黄酒的酿制；
小曲，关键适用于黄酒和小曲白酒的酿制；
红曲，关键适用于红曲酒的酿制（红曲酒是黄酒的一种品种）；
麸曲，这是当代才发展起来的，用纯种霉菌接种以麸皮为原材料的培养物。可适用于替代部分大曲或小曲。现阶段麸曲法白酒是我国白酒制造的关键操作法之一。其白酒产量占总产量的70%之上。

大曲，是以大麦、小麦或豌豆为原材料，经菌种培养而成。用大曲酿制的酒，香气突出，味道醇厚，但制造使用量大，粮食损耗大，酿制时间长，出酒率低，因此成本高，价钱也高。